Obsidianで分割ノートとリンクを駆使して研究ノートを作っているのに、いざ「1本の論文原稿」に落とし込もうとすると手が止まる——。Linked notes をどう1本のテキストにまとめるか、Obsidian内でPDFまで完結させるべきか、どこまでを外部ツールに任せるか。この「アウトプットへの橋渡し」が、多くの研究者・院生にとって意外なボトルネックになっています。本記事では、なぜ難しく感じるのかを構造的に整理しつつ、「Obsidianはどこまで使い、論文執筆ツールとどう役割分担すべきか」を具体的に解説します。
主なポイント
- Obsidianの「分散したLinked notes」と、論文の「一方向で線形な構造」は前提がまったく違う
- ノートと原稿の「粒度の差」を意識せずに書き進めると、Linked notes を束ねる段階で破綻しやすい
- ObsidianだけでPDFまで完結させようとすると、プラグイン依存が肥大化し、メンテが現実的でなくなる
- 現実的には「Obsidian＝リサーチ＆構成」「Word/LaTeX＝最終原稿」と割り切った二段構えが安定しやすい
- そのうえで、Linked notes から原稿を組み立てるための「構成ノート」と「ドラフトノート」を意識しておくと橋渡しが楽になる
なぜ Obsidian から論文原稿への橋渡しが難しいのか？
ネットワーク型ノートと線形テキストのギャップ
Obsidianの強みは、ノート同士をリンクでゆるくつなぎ、ネットワークとして知識を育てられる点です。一方で、論文は「タイトル → 要旨 → 序論 → 方法 → 結果 → 考察…」という、厳格な線形構造とセクション順序を求められます。
- Obsidian：どのノートから読んでもよい、非線形のグラフ構造
- 論文原稿：読み手が迷わないよう、1本の線として読める構造
この構造の違いが、「Obsidianではアイデアが育っているのに、原稿としてはまとまらない」という感覚を生みやすくします。
ノートの粒度と「段落」の粒度が噛み合っていない
Linked notes を積み上げていくと、1ノートが「論文1本の要約」だったり、「図1つのメモ」だったり、「思いつき1行」だったりと、粒度がバラバラになりがちです。
しかし論文では、最終的に「段落」単位で筋の通った文章が求められます。粒度の揃っていないノート群から、いきなり段落レベルのテキストを組み上げようとするため、途中で行き詰まりやすくなります。
Linked notes を 1 本の原稿にまとめられないのはなぜか？
よくあるつまずき：リンクを「そのまま」原稿にしたくなる
Obsidian Forum でも、「関連ノートへのリンクを辿りながら書いてきたが、それらをまとめて1つのWordファイルやTeXファイルに落とし込む方法が分からない」という相談が繰り返されています。
典型的なパターンは次のようなものです。
- アイデアごとに小さなノートを作る
- 関連ノートをリンクでつなぎ、グラフビューで俯瞰する
- いざ論文を書く段階になり、「このリンク先を全部1本にしてくれればいいのに」と感じる
- Pandoc などの変換で「今見ているノート」はエクスポートできるが、リンク先までは自動で展開されない
- 手作業でコピペし始めて、途中で「最初からLaTeX/Wordに書き直したほうが早いかも」と心が折れる
ここでのポイントは、「リンクの構造」と「原稿のアウトライン」が一致していないことです。リンクが多いノートが、必ずしも論文の中心になるわけではありません。
「構成ノート」がないまま、素材ノートだけ増えている
Linked notes がうまく活きないケースでは、素材ノート（文献メモ・実験ノート・思いつきメモ）は充実している一方で、「論文1本の構成だけを考えるノート」が存在しないことが多いです。
- 素材ノート：
- 文献メモ、実験記録、仮説メモなど
- 「何を考えたか・何を測ったか」を保存するためのノート
- 構成ノート：
- 「この論文で何を主張するか、そのためにどの素材を使うか」を決めるノート
- 見出し案・段落案・図表の配置など、線形構造だけを設計するノート
構成ノートがない状態では、リンクをたどることがそのまま原稿になるような錯覚に陥り、最後に「順番が組めない」「同じ内容があちこちで重複する」という問題にぶつかります。
Obsidian内で完結して PDF まで出せないのはなぜか？
論文フォーマットは「Markdown→PDF」の一発変換より複雑
Reddit では、「大学関連のすべてをObsidianで管理しているが、最終的な提出はWordにコピペしている。Obsidianから直接PDF化できないか？」という質問もよく見られます。
ここで問題になるのは、学術論文のフォーマットが想像以上に複雑なことです。
- 学会・ジャーナルごとに異なるテンプレート（フォント・余白・段組・スタイル）
- 見出し番号やセクションスタイル
- 図表番号・キャプション・相互参照
- フットノート・参考文献リストの自動整形
- 添付ファイルや匿名化の要件 など
Markdown → PDF 変換自体はプラグインや外部ツールで可能ですが、「ジャーナルが求めるスタイルに完全準拠したPDF」をObsidian単体で出すのは、かなり手強いタスクです。
プラグインで「全部やろう」とするとワークフローが不安定になる
Redditのスレッドでは、Citations や Pandoc References、Longform など、複数のプラグインを組み合わせて「Obsidianだけでフットノートや参考文献まで完結させる」工夫が紹介されています。
ただしこのアプローチは、次のようなリスクを抱えています。
- Obsidian本体やプラグインのアップデートで動かなくなる
- OSやLaTeX環境、Pandocのバージョンに依存しやすい
- 研究室PC・自宅PC・ラボサーバーなど、複数環境で同じセットアップを再現しにくい
- 共著者と環境をそろえないと共同作業が難しい
結果として、「設定とトラブルシューティングに時間を使いすぎて、本来の執筆に集中できない」という本末転倒な状況に陥りやすくなります。
Linked notes から論文原稿を組み立てる実務的なステップは？
ここからは、「Obsidianを研究ノートの中枢としつつ、原稿は別ツールに仕上げる」ことを前提に、Linked notes から論文原稿を組み立てるステップを整理します。
ステップ1：論文ごとの「構成ノート」を作る
まず、「この論文のためだけの構成ノート」を1枚作ります。
- タイトル案・投稿先・締切
- 想定する読者と前提知識
- この論文で答えたい問い（研究課題）
- 想定するセクション構成（見出しだけでよい）
この段階では、まだ本文は書きません。「どの話を、どの順番で、どこまで書くか」だけを決めるステージです。
ステップ2：構成ノートから必要な Linked notes を呼び出す
次に、各セクションに関連するノートを、リンクや検索でピックアップしていきます。
- 文献メモ・実験ノート・日次ログ・アイデアノートなどから
「この段落で使えそうなもの」を[[リンク]]でメモしておく - 「背景」「先行研究」「方法」「結果」「考察」ごとに、参照するノートのリストを作る
- 「このノート群だけで論文が書けるか？」という観点で抜け漏れをチェックする
ここでは、まだ原稿テキストにはしません。あくまで「どの素材を、どのセクションで使うか」を決める作業です。
ステップ3：Obsidian内に「ドラフト用ノート」を1本だけ作る
構成と素材ノートの当たりがついたら、Obsidian内に1本だけ「論文ドラフト」ノートを作ります。
- 見出しだけ先に並べる（イントロ、方法、結果…）
- 各見出しの下に、構成ノートに書いた「使う素材ノートのリンク」を貼る
- 素材ノートから必要な文やデータをコピペしつつ、「段落単位の文章」に書き直していく
ここでは、リンクしている素材ノートを逐一開いたり閉じたりしながら、ドラフトノート側に文章を組み立てていくことになります。
ステップ4：ドラフトノートを外部ツールに移して仕上げる
Obsidian内で「論理の通ったテキスト」が書けたら、その段階でWordやLaTeXに移行します。
- Obsidianからプレーンテキストとしてコピー
- Wordならスタイル設定・図表の挿入・参考文献の自動整形
- LaTeXならセクションコマンドやパッケージ設定、図表環境の整形
このように、「論理構成と文章の骨格づくりまではObsidian、その後のフォーマット・体裁は専用ツール」という分業にすることで、両者の得意分野を活かせます。
どこまでを Obsidian でやり、どこからを外部ツールに任せるべきか？
Obsidian の守備範囲：リサーチと構成、骨組みの文章
Obsidianが特に強みを発揮するのは、次の領域です。
- 文献メモ・実験ノート・アイデアの蓄積とリンク
- テーマ別ノートやプロジェクトノートによる「研究全体の地図づくり」
- 構成ノート・ドラフトノートによる、論文の骨組みづくり
- 将来の論文や発表に再利用できる「知識の再資源化」
この範囲では、「とりあえず書く」「あとからリンクする」というObsidianの思想と、研究者の思考プロセスがよく噛み合います。
外部ツールの守備範囲：フォーマット・体裁・提出要件
一方で、WordやLaTeXなど、論文執筆専用のツールに任せたほうがよい領域ははっきりしています。
- ジャーナルごとのテンプレート適用
- 図表・数式のレイアウト調整
- 参考文献スタイル（APA、IEEE など）の厳密な適用
- 査読コメントへの返信やトラッキング（変更履歴など）
- 共著者との共同編集・コメントのやりとり
ここをObsidianのプラグインだけで無理にまかなうより、「Obsidianで中身を固めて、専用ツールで整形する」と割り切ったほうが、長期的には安定しやすくなります。
注意点・ベストプラクティス：Obsidianと論文執筆フェーズをうまくつなぐには？
1. 「ノートの粒度」を決めてから書き始める
- 1論文1ノートなのか、1アイデア1ノートなのかを、ざっくりでもよいので決めておく
- 実験ノートや文献ノートは「1実験1ノート」「1論文1ノート」を基本にすると、後から再利用しやすい
- 粒度を意識しておくことで、構成ノートにリンクするときの単位が揃いやすくなる
2. 構成ノートと素材ノートを意識的に分ける
- 構成ノートには「この論文で何を書くか」だけを書く
- 文献メモや実験メモはあくまで素材ノート。構成ノートからリンクするだけにする
- 構成ノートに生データや長文を貼りすぎないことで、「地図」と「街（ノート群）」が混ざるのを防ぐ
3. 「Obsidianだけで完結させる」ことを目標にしない
- 最初からPDF出力までObsidianでやろうとしない
- まずは「構成とドラフトまではObsidian、それ以降はWord/LaTeX」と割り切ってみる
- どうしても必要になった部分だけ、徐々にプラグインや外部ツールとの連携を追加する
4. 論文1本ごとに「出口パターン」を決める
- このジャーナルなら「Obsidian → LaTeX（Overleaf）」
- この学会なら「Obsidian → Word テンプレート」
- 修論・博論なら「Obsidian → 指定の書式（Word/LaTeX）」
といった具合に、**「この種類のアウトプットなら、このルートで出す」**というパターンを決めておくと迷いが減ります。
FAQ：Obsidianと論文執筆に関するよくある質問
Q1. Obsidianだけで論文を書き上げるのは無謀ですか？
短いレポートや研究計画書レベルであれば、Obsidianから直接PDFを書き出して済ませるケースもあります。ただし、査読付き論文や学位論文のようにフォーマット要件が厳しいアウトプットでは、最終整形をWord/LaTeXに任せたほうが現実的です。「中身はObsidian、体裁は専用ツール」と割り切ると、ストレスが大きく減ります。
Q2. Longform や Pandoc などのプラグインを使えば十分では？
これらのプラグインは非常に便利ですが、「Obsidian内で原稿を構造化する」支援が中心です。最終的なPDFや投稿フォーマットの要件まで、すべてを1人の環境でカバーするのは負荷が大きくなりがちです。まずは「構成ノートとドラフトノートの整理」に活用し、最終フォーマットは別ツールに渡す前提で使うと、バランスが取りやすくなります。
Q3. Word派とLaTeX派で、Obsidianの使い方は変わりますか？
基本方針は同じですが、LaTeX派のほうが「Markdown→TeX」の変換パイプラインを組みやすい傾向があります。一方、Word派はコピペ前提で運用しても問題ありません。どちらの場合も、「構成と中身をObsidianで固める → 提出ツールで書式を整える」という二段構えを意識するとよいでしょう。
Q4. Linked notes の粒度はどのくらいが理想ですか？
論文に再利用することを考えるなら、「段落1つ〜小セクション1つ」くらいの粒度が扱いやすいです。1ノートがあまりに巨大だと再利用しづらく、逆に1行レベルで細切れにしすぎると構成ノートに並べるだけで負担になります。自分が「あとで引用しやすい」と感じる粒度を意識して調整していくのがおすすめです。
Q5. 卒論・修論レベルでも、Obsidianを使う意味はありますか？
あります。むしろ卒論・修論は「文献メモや実験ノートの整理」と「全体構成の見通し」が重要なので、Obsidianのリンク・バックリンクが活きやすい領域です。最終的な提出書式はWordなどに任せるとしても、途中の思考過程と素材整理をObsidianに集約しておくと、後から「どのアイデアをどの章で使ったか」を追いやすくなります。
まとめ：Obsidianと論文執筆フェーズをつなぐための次の一歩
Obsidianは研究ノートや文献メモを育てるには非常に強力ですが、そのままジャーナル投稿用の1本の原稿に落とし込むには、「構造」と「役割」の整理が必要です。
最後に、今日からできる具体的な一歩を挙げておきます。
- 進行中の論文ごとに「構成ノート」を1枚作る
素材ノートとは分けて、「この論文で何を書くか・どのノートを使うか」だけを整理するノートを用意してみてください。 - Obsidianでのゴールを「骨格の文章まで」と決める
「PDFまでObsidianで出さなければ」と思い込まず、ドラフトまでをObsidian、フォーマットはWord/LaTeXと割り切るだけで、ワークフローが一気にシンプルになります。 - 自分なりの「出口パターン」を言語化する
よく使う投稿先や学会ごとに、「Obsidian → どのツール → どの形式」という流れを一度書き出しておくと、次の論文執筆のたびに迷わずに済みます。
この3つを押さえるだけでも、「Linked notes まではうまくいくが、論文原稿に落とし込めない」というモヤモヤはかなり軽くなるはずです。