Obsidianは、研究ノート・実験記録・文献メモを一元管理できる強力な「第二の脳」ツールです。本記事では、研究・大学院生活・論文執筆に役立つブログ記事とYouTube動画を厳選してリンク付きで紹介します。これらをたどるだけで、「インストール直後の初心者」から「Zotero連携やAI活用までやり込みたい人」まで、順番にレベルアップできる構成にしました。
主なポイント
- Obsidianの基本概念と「研究向きな理由」を短く整理
- 日本語中心に、研究者・大学院生の実例付きブログをカテゴリ別に紹介
- Zoteroなどの文献管理ツールとObsidianを連携するための情報源をまとめて掲載
- 研究ワークフロー設計に役立つ国内外のYouTube動画・プレイリストをキュレーション
- 最後に「今日からできる3ステップ」で導入・運用の始め方を提案
Obsidianとは？研究整理に向いている理由は？
Obsidianは、Markdown形式のテキストファイルをローカル（自分のPCやクラウドストレージ）に保存し、それらを双方向リンクでつなげて「知識のネットワーク」を作るノートアプリです。
研究向きといえる主な理由は次の通りです。
- ローカル保存：研究データ・草稿を自分のフォルダ構造のまま保持できる
- Markdownベース：バージョン管理や他ツールとの連携に強い
- リンクとバックリンク：文献ノート・実験ノート・アイデアを相互に結びつけやすい
- プラグイン拡張：Zotero連携、タスク管理、AI要約など研究ワークフローを拡張できる
研究の日誌、実験プロトコル、文献要約、アイデアスケッチ、執筆ドラフトまでをひとつの「Vault（保管庫）」で扱えるのが最大の魅力です。
まず押さえたいObsidianの基本と日本語解説は？
Obsidianの全体像と「セカンドブレイン」入門
- うさぎでもわかるObsidian（Zenn）
Obsidianで「セカンドブレイン」を作るとはどういうことかを、インプット → 整理 → 発見 → アウトプットの流れで整理してくれる入門記事です。 - ﾒﾓﾂｰﾙ Obsidian 使い方研究5 プラグイン,ノートの取り方の基本
プラグインやリンク操作の基本など、「とりあえず最低限ここだけ押さえておけば困らない」ポイントがまとまっています。
日本語でサクッと雰囲気をつかみたい人向けYouTube
- 【実演あり】Notionよりやばい！神メモアプリ「Obsidian」新時代の使い方を紹介します！
インストール直後の画面から、ノート作成・リンク・グラフビューまで一通り見せてくれる日本語解説。最初の1本におすすめです。(YouTube) - GPT-5と一緒にObsidian初挑戦｜マインドマップ自動生成＆…
Vault作成、日本語化、リンク、AI連携などを「一緒に触りながら学ぶ」構成の動画。初期設定〜AI活用まで一気に眺めたい人向け。(YouTube)
研究ノート・文献整理に使えるブログ記事は？
ここでは、実験系・大学院生・情報整理オタクなど、タイプ別に役立つ記事を紹介します。
実験系研究者のObsidian活用
- 実験系研究者が使うObsidian｜モルペウス
手書きノート・Wordファイル・紙のファイルを併用していた研究者が、実験記録やプロトコル、文献メモをObsidianにまとめていく過程が紹介されています。実験系ならではの「何をデジタル化して、何を紙に残すか」という悩みにも触れているのがポイントです。
研究生活全体の振り返りに出てくるObsidian
- 2021年の研究回想 – ゆううきブログ
研究の1日が「Obsidianのデイリーノートを開くところから始まる」と書かれており、長期的に使うとどうなるかのイメージがつかめます。1000枚以上のノートが貯まった状態での気づきもあり、継続利用のヒントになります。
YouTubeメモや読書メモをObsidianで回す
- 第1回｜Obsidianで「YouTube読書」ルーチンを自動化した話
テンプレート機能を使って、YouTube動画からの学びを読書メモのように整理するワークフローを解説。動画視聴ログをそのまま研究メモに昇華させたい人に向いています。
実際の研究者のワークフロー事例は？（データ・事例・比較）
ここでは、論文・文献管理に踏み込んだ事例を紹介します。「どのくらいObsidianに寄せるか」「Zoteroや他ツールをどこまで併用するか」を比較しながら読むと、自分のスタイルを決めやすくなります。
Zotero×Obsidianで学術活動を回す事例
- Zotero×Obsidian 学術活動のすゝめ – 砂の書庫
著者が1年以上使い込んだZotero＋Obsidianの文献管理ワークフローを詳細に公開しています。文献のインポート設定から、プラグイン自作まで踏み込んでおり、「とことんやり込みたい派」に最適です。 - 博士後期課程が始まったので、ZoteroとObsidianを連携して…（Zenn）
Zoteroに追加した文献が自動的にObsidianの文献ノートとして取り込まれ、そこからAI要約やメタデータの一覧表示まで行う仕組みが紹介されています。博士課程の実際のニーズに即した構成になっているのが特徴です。 - Obsidianとzoteroを連携してみた – はちみつブログ
プラグイン「Zotero Integration」を使った連携手順が、日本語で丁寧に解説されています。まずは基本的な連携だけ試してみたい人に向いています。
AI時代の研究ワークフローとしてのObsidian
- AI時代の研究ワークフロー！Zotero×Obsidian×NotebookLM
Zotero・Obsidian・NotebookLMを組み合わせた、AI時代の文献管理・情報整理フローを俯瞰的に紹介。文献から要約生成、ノートへの落とし込み、再利用までの全体像を掴むのに役立ちます。
こうした事例を横に並べて読むと、
「文献PDFはZoteroに置きつつ、要約・抜き書き・考察はObsidianに集約する」
という構図が多いことが分かります。
文献管理ツール（Zoteroなど）とObsidianをどう連携する？
文献管理ソフトの代表格であるZoteroとObsidianを組み合わせると、「PDFの倉庫」と「思考のノート」が分業でき、研究効率が大きく上がります。
典型的な連携パターン
- Zoteroに文献を登録（PDFや書誌情報を保存）
- プラグイン（Zotero Integration など）でObsidianに文献ノートを自動生成
- Obsidian側で、本文の抜き書き・要約・自分のコメントを書き足す
- キーワード・タグ・トピックノートとリンクさせて、後から再利用しやすくする
英語圏の参考情報（深掘り用）
- How to create a workflow to support your research and …（YouTube）
知識創造を支える学術ワークフローとして、文献管理とノートのつなぎ方を解説しています。(YouTube) - How I research and write in Obsidian（YouTube）
医師としての学術業務をObsidianでどう回しているかを紹介する動画で、研究者視点の使い方が参考になります。(YouTube) - Obsidian & Academic Work プレイリスト
学術業務にObsidianをどう組み込むかに特化した動画群。英語ですが、画面操作だけでも学べる部分が多いです。(YouTube)
研究に特化したYouTube動画・チャンネルは？
日本語で理解したい人向け
- 【GPT-5活用】Obsidianを深掘り！Notion/Evernoteとの違い…
他のノートアプリとの比較をしながら、Obsidianの「ローカル保存」「リンク思考」「AI連携」の強みを整理してくれます。研究用にどのツールを採用するか迷っている人に最適です。(YouTube) - 上で挙げたNotionよりやばい！神メモアプリ「Obsidian」やGPT-5と一緒にObsidian初挑戦と合わせて視聴すると、「入門 → 比較 → 応用」の流れで理解が深まります。(YouTube)
英語でがっつり研究ワークフローを学びたい人向け
- My academic workflow (2022)
研究ワークフロー全体の設計にフォーカスした動画で、Obsidian以外のツールとの役割分担も参考になります。(YouTube) - 前述のHow to create a workflow to support your research…や
Obsidian & Academic Work プレイリストは、研究ノートとタスク、文献管理を「ひとつのシステム」として設計する視点が得られます。(YouTube)
Obsidian研究ノート運用の注意点・ベストプラクティスは？
1. いきなり全部をObsidianに移さない
過去ノートやPDFをすべて移行しようとすると挫折しやすくなります。
まずは「今日からの実験記録」「今日読んだ論文」のように、今後生まれる情報だけをObsidianに集めるところから始めると続きます。
2. テンプレートを早めに整える
実験ノート、文献ノート、セミナーメモなどは、テンプレートを作っておくと追記が楽になります。
前述のYouTube読書ルーティンの記事のように、定型メモはテンプレート化して一瞬で呼び出すのがコツです。
3. 文献PDFはZotero・ノートはObsidianで役割分担
PDFそのものや引用情報の管理はZoteroに任せ、抜き書き・要約・自分の考察はObsidianに集約する形が多くの事例で採用されています。これは、ツールごとの得意領域を活かした現実的な落としどころです。
4. ノートは「完成品」より「作業途中」でOK
Obsidianは「思考の途中」を残すのに向いたツールです。
完璧な要約や結論を求めるよりも、途中メモでもどんどん残して、あとからリンクでつなぐ方が、研究の再現性とアイデアの再利用性が高まります。
5. 1日1ノート以上は「何かを書く」習慣を
デイリーノートや研究ログをつける習慣がある研究者は、長期的に見てノートの蓄積量も大きく、振り返りもやりやすいと報告しています。
Obsidian研究整理に関するFAQ
Q1. 研究初心者でも、いきなりObsidianから始めて大丈夫ですか？
はい、大丈夫です。
むしろ「まだノート環境が固まっていない」段階の方が、Obsidianを中心にシンプルな構成を作りやすいです。最初はデイリーノートと実験記録だけObsidianに寄せ、複雑な連携やプラグインは慣れてから追加すれば問題ありません。
Q2. 手書きノートはやめて全部Obsidianにした方がいいですか？
完全にやめる必要はありません。実験のラフなスケッチや現場での走り書きは紙の方が早い場合も多いです。手書きの良さを残しつつ、最終的な記録・要約・考察をObsidianに集約する二段構えを採用している研究者が多く見られます。
Q3. Obsidianだけで文献管理まで全部できますか？
技術的には可能ですが、PDFの管理や引用スタイルの出力などは、Zoteroなど専用ツールの方が得意です。PDF管理はZotero、ノートと発想の整理はObsidianという役割分担をおすすめします。
Q4. どのプラグインから入れるべきですか？
最初は、テンプレート系とデイリーノート系だけで十分です。
研究が進むにつれて、Zotero連携やAI要約、タスク管理系など、「必要になったタイミングで1つずつ」足していくと混乱しません。
Q5. 英語が苦手ですが、英語の情報も追う価値はありますか？
あります。学術ワークフローの事例は英語圏の方が圧倒的に多く、画面操作を見ているだけでも構成のアイデアが得られることが多いです。分からない部分だけを翻訳ツールで補いながら、動画やブログのスクリーンショットを参考にすると良いでしょう。
まとめ：今日から始める3ステップ
最後に、この記事で紹介した情報を活かして今日からできる一歩をまとめます。
- 入門記事＆日本語YouTubeで全体像をつかむ
「うさぎでもわかるObsidian」と日本語の入門動画（Notion比較やGPT-5と一緒に初挑戦など）を1〜2本だけ見て、雰囲気を理解します。(YouTube) - デイリーノート＋研究ログのテンプレートを1つ作る
実験記録や読書メモのテンプレートをまねしながら、自分用に1つテンプレートを作り、毎日1ノートだけでも書く習慣をつけます。(note（ノート）) - Zotero連携など「次の一歩」を1つだけ導入する
研究が回り始めたところで、Zotero連携やAI要約など、気になるワークフロー記事を1つだけ選び、真似してみます。(Zenn)
この記事のリンク群を、自分のObsidianに「参考リソース」としてコピペしておくと、いつでも戻って読み直せる自分専用のポータルになります。
研究スタイルに合いそうなブログ・動画から、ぜひ少しずつ試してみてください。